En el presente trabajo la enzima papaína fue tratada bajo diferentes condiciones de Campo Eléctrico de Alto Voltaje (CEAV), donde se aplicaron tres factores principales: frecuencia (0, 180 y 360 Hz), intensidad de campo eléctrico (1, 5, y 9 kV/cm) y tiempo de proceso (10, 20 y 30 minutos). El objetivo fue determinar los cambios en la actividad de la enzima, así como en su estructura. Los resultados principalmente mostraron un efecto de reducción en la actividad residual (AR) de la papaína.  El mejor efecto en la AR (47%) se logró bajo las condiciones de tratamiento más intensas de CE (9kV/cm) y tiempo (30 min). Los resultados del análisis en la estructura de la papaína por espectroscopia de fluorescencia demostraron que el CEAV propició desnaturalización y posiblemente agregación de la enzima. Por lo tanto, se puede concluir que el CEAV es una tecnología no térmica alternativa eficaz para una inactivación enzimática parcial.